1940-1990 Hoitomuotoja kehitetään
Pikonlinna, kuten moni muukin laitos Suomessa, toimi sotasairaalana talvi- ja jatkosodan aikaan (sotasairaala 55). 1.6.1940 parantolaan järjestettiin 110 ylimääräistä hoitopaikkaa.
Kesästä 1940 lähtien Pikonlinnaan keskitettiin pelkästään tuberkuloottisia, sekä sotilaita että siviilejä. Vuonna 1945 vakinaistettiin 100 lisäpaikkaa, jotka vuoteen 1947 olivat sotavammasairaalan käytössä. Kyseisillä paikoilla oli lähinnä parantolapiirin ulkopuolelta kotoisin olevia sotatuberkuloottisia.
Vasta 1947 Pikonlinnan sotilasparantola lopetti toimintansa ja toiminta jatkui normaalina rauhanaikaisena parantolan työnä. Sotavammasairaalan lopettaessa toimintansa kaikki jäsenkuntien aikuiset potilaat pääsivät hoitoon melkein viipymättä.
Osittain sota-ajan olojen vuoksi tuberkuloosikuolleisuus oli Suomessa melko korkea verrattuna muihin Pohjoismaihin. Yleisen hygienian kohentuessa; valistuksen, calmette-rokotuksen ja laajojen pienoisröntgenkuvausten vuoksi; ennaltaehkäisevässä työssä kuitenkin edistyttiin. Henkilöt, joilla ei ollut tuberkuloositartuntaa tartuntatestin mukaan, suojarokotettiin.
Puolustusvoimat huolehti asepalvelukseen tulevista alokkaista ja kansa- ja oppikoulut oppilaista. Pienoisröntgenkuvausten avulla seulottiin tuberkuloositapaukset hoitoon heti alkuvaiheessa. Arvokasta ennaltaehkäisevää hoitotyötä tehtiin terveystaloissa, joita rakennettiin Suomeen sotien jälkeen muun muassa ruotsalaisten lahjoitusvaroin.