Valtion sairaala-aika 1890–1955
Pitkäniemen sairaalan toimintaan vaikutti vuosina 1939–1945 käydyt sodat, sillä potilaiden määrä lisääntyi huomattavasti sairaalassa. Talvi- ja jatkosodassa Pitkäniemen sairaalan henkilökunta oli koetuksella suurien potilasmäärien tähden. Tarvikkeista ja ruuasta oli jatkuva pula.
Jatkosodan aikana Pitkäniemen sairaalassa toimi 10. Sotasairaalan (10. SotaS.) jaostosairaala, jossa hoidettiin puolustusvoimien psykiatrisia potilaita. Sen myötä Pitkäniemeen tuli uusi potilasryhmä, sotapsykoosista kärsivät. Heille perustettiin kolme omaa osastoa ja Pitkäniemestä tuli maan suurin sotapsykoosisairaala. Sodan aikana paikkaluku korotettiin 350 sairaansijaan. Enemmistö sota-ajan potilaista oli sotilaspotilaita, oikeuspsykiatrisia tutkintopotilaita ja kriminaalipotilaita, mikä lisäsi levottomuutta ja väkivallan uhkaa sairaalassa. 10. Sotasairaalan toiminta lakkautettiin vuonna 1941.
Sairaalaa johti ylilääkäri Ilmari Kalpa, joka edellytti henkilökunnaltaan 50-tuntisia työviikkoja ja valvoi yksityiselämää. 154 hoitajaa ja kolme lääkäriä tekivät töitä käytännössä vuorotta, koska he asuivat sairaalan alueella. Potilasmäärä nousi 700:sta 1050:een sota-aikana ja sairaala oli ääriään myöten täynnä. Potilaat kärsivät sota-aikana nälästä, sillä heidän korttiannoksensa olivat kolmanneksen pienemmät kuin muun väestön annokset. Potilaskuolleisuus oli suuri nälän, kulkutautien sekä tuberkuloosin vuoksi. Sotien aikana Pitkäniemen rakennukset pääsivät rappeutumaan ja vain kaksi sairaalan kymmenestä käytössä olleesta rakennuksesta täyttivät 1950-luvun sairaanhoidolle asetetut vaatimukset.
talvisodan aikana Pitkäniemeen tuli 229 sotapsykoosipotilasta.
Talvi- ja jatkosodan aikana sokerista oli pulaa, joka vaikeutti Pitkäniemessä insuliinihoitojen antamista. Hoito kiellettiin vuonna 1943 neljäksi kuukaudeksi, koska sairaalan insuliinihoitoihin tarvittavan sokerin määrä kuukaudessa oli noin 250 kiloa.