Taysin aika 1991-
Neljän itsenäisen klinikan -rakenne koettiin Pitkäniemen sairaalassa mutkikkaana ja raskaana. Hallintoa uudistettiin vuonna 1995 yhdistämällä itsenäiset klinikat psykiatrian tulosyksiköksi. Aikaisemmin jokaisella klinikalla oli oma johtaja, mutta uudistuksen myötä tulosyksilöllä oli vain tulosyksikköjohtaja. Ensimmäinen johtaja oli Pauli Poutanen, joka oli toiminut Pitkäniemen sairaalan ylilääkärinä.
Tulosyksikkö jaettiin nuorisopsykiatrian, oikeuspsykiatrian, lastenpsykiatrian, yleissairaalapsykiatrian ja psykiatrian klinikoiksi. Tulosyksikköön kuului myös avohoidon tulosryhmä, johon sisältyi Tampereen ja Nokia-Pirkkalan mielenterveyskeskukset. Muutoksella tavoiteltiin avohoitopaikkojen lisäämistä ja potilaiden sairaalahoitoaikaa pyrittiin vähentämään. Sairaansijojen määrää supistettiin laman aikana, mutta paikkojen määrän vähentäminen oli alkanut ennen 1990-lukua. Pitkäniemen sairaalan hallinnon uudistuksesta oli kulunut vain muutama vuosi, kun vuonna 1997 muodostettiin sairaalan hallinnosta psykiatrian tulosalue.
B-mielisairaala Keijärven sairaala perustettiin vuonna 1965 Ylöjärven kaupunkiin. Sairaalassa pyrittiin kuntouttamaan pitkäaikaispotilaita selviytymään arjesta itsenäisesti työ- ja toimintaterapian avulla. Vireä kerhotoiminta ja kodinomaisuus olivat sairaalan kulmakiviä. Keijärven ylilääkärinä toimi Eila Heikkinen. Pirkanmaan sairaanhoitopiirin psykiatrian hallinnon muutokset vaikuttivat myös Keijärven sairaalassa, kun vuonna 1999 se yhdistettiin psykiatrian tulosyksikköön ja -alueeseen. Seuraavana vuonna Keijärven sairaalan toiminta lakkautettiin ja toiminta siirtyi Pitkäniemen sairaalan.
avoihoitotoiminta siirtyi 1990-luvulla kuntien perusterveydenhuoltoon.
Pitkäniemen sairaalasta ei irtisanottu tai lomautettu henkilökuntaa lama-aikana.