Taysin aika 1991-
Pitkäniemen sairaalan liittyessä Pirkanmaan sairaanhoitopiiriin ja Tampereen yliopistolliseen sairaalaan organisaatiossa tehtiin muutoksia. Sairaala jakaantui hallinnollisesti itsenäisiin klinikoihin, joita olivat psykiatrian, psykogeriatrian, yleissairaalapsykiatrian ja nuorisopsykiatrian sekä lastenpsykiatrian klinikat. Klinikoiden toiminta koettiin haasteellisena käytännössä ja psykiatrian kehittämisen kannalta.
Psykogeriatrian klinikkaa perustettaessa se oli Suomen ainoa iäkkäiden psykiatristen potilaiden hoitoon erikoistunut erikoisklinikka, jossa oli 110 sairaansijaa. Klinikan johtaja oli ylilääkäri Heikki Santala. Klinikkaan kuului viisi osastoa, joista yksi oli neurologinen, kaksi osastoa keskittyi akuuttiin psykogeriatriseen toimintaan ja kaksi osastoa iäkkäiden potilaiden pitkäaikaiseen hoitoon. Akuuttiosastolla hoitoaika oli noin 3 viikkoa. Klinikalla pyrittiin välttämään pitkiä laitoshoitojaksoja ja tukemaan avohoitoa yhteistyössä kotisairaanhoidon kanssa. Psykogeriatrian potilaiden yleisimmät hoidon syyt olivat depressio, delirium, dementia.
Pitkäniemen neurologisen osaston nimi muuttui 1993 psykogeriatriseksi vastaanotto-osastoksi, jossa hoidettiin psyykkisistä ja neurologisista oireista kärsiviä vanhuksia. Nimenmuutos johtui osaksi osittaisesta erimielisyydestä kantasairaalan neurologian klinikan kanssa sekä psykogeriatrian osaston lakkauttamisesta.
Kahdesta vuodeosastosta koostuva yleissairaalapsykiatrian ja nuorisopsykiatrian klinikka toimi Pitkäniemessä Tampereen yliopistolle vuokratuissa tiloissa. Klinikkaa johti ylilääkäri Pentti Sorri. Klinikan kriisiosasto siirtyi Tampereelle kanta-sairaalan alueelle vuonna 1994.
Nuorisopsykiatria toimi vuonna 1988 TAYKS:n nuorisopsykiatrian poliklinikkana ja yleissairaalapsykiatrian osastolta oli muutamia paikkoja nuoriso-osasto toimintaa varten. Nämä paikat eivät riittäneet, koska nuorisopotilaiden määrä lisääntyi. Uuden mielenterveyslain myötä vuonna 1990 psykiatriset sairaalat velvoitettiin antamaan alaikäisille psykiatrisille potilaille hoitoa alaikäisille tarkoitetuilla osastoilla. Yleissairaalanpsykiatrian osasto muutettiin 1991 nuorisopsykiatriseksi osastoksi, jossa hoidettiin esimerkiksi vakavista masennustiloista, persoonallisuushäiriöistä ja syömishäiriöistä kärsiviä nuoria.
Nuorisopsykiatria eriytyi omaksi klinikaksi 1995. Pian oltiin jälleen tilanteessa, jossa nuorisopsykiatrian sairaansijat eivät riittäneet ja nuoria potilaita sijoitettiin aikuisten osastoille. Valtion viranomaisten puuttuessa vuosia kestäneeseen vaikeaan tilanteeseen Pitkäniemessä aloitti vuonna 1998 toinen nuoriso-osasto.
Nuorisopsykiatria muuttaa Pitkäniemestä vuonna 2019 Tampereelle uuteen lasten ja nuorten sairaalaan. Muuton yhteydessä nuorisopsykiatria siirtyy aikuispsykiatrian vastuualueelta lastenpsykiatrian vastuualueelle.
Pitkäniemen sairaalan lastenpsykiatrinen osasto oli muuttanut vuonna 1984 Tampereen keskussairaalaan. Lastenpsykiatrian klinikan johtajana oli ylilääkäri professori Tuula Tamminen. Uutuutena alkoi vuonna 1993 alle kouluikäisille ja heidän perheilleen tarkoitettu klinikka, jossa kolme viikon ajan koko perhe osallistui päivittäin hoitojaksolle. Tilojen sisäilmaongelmien vuoksi 1997 lastenpsykiatrian perheosasto ja poliklinikka muuttivat Itsenäisyydenkadulle Tampereelle ja vuodeosasto Pitkäniemen sairaalan alueelle. Taysin kantasairaalan alueelle valmistui 2003 uusi rakennus lastenpsykiatrialle.
Psykiatrian klinikka aloitti 13 vuodeosastolla vuonna 1991 ja sairaansijoja oli 274. Klinikan johtajana toimi ylilääkäri professori Pekka Niskanen. Klinikalla oli kolme osastoa: päivystys- ja akuuttipotilaiden osasto ja kaksi osastoa pitkäaikaispotilaille. Keskimääräinen hoitoaika osastolla oli 1,5 kuukautta. Osaston kolmeen asuinrakennukseen siirtyivät pidemmälle kuntoutuneet potilaat. He opettelivat turvallisissa olosuhteissa itsenäisyyttä ja vastuunottoa arkielämästä. Huomattava osa psykiatrian klinikan potilaista sairasti skitsofreniaa.