Taysin aika 1991-
Suomessa valmisteltiin 1970-luvulta lähtien sairaalalaitosten hallinnon uudistamista, jolla tavoiteltiin palveluiden keskittämistä sairaanhoitopiirien perustamisella. Erikoissairaanhoitolain astuessa voimaan 1991 vauhditti aikaisemmin vapaaehtoisuuteen perustuvaa sairaanhoitopiirien muodostamista. Lain myötä erikoissairaanhoidon tehtävät tarkentuivat aikaisemmasta, koska itsenäiset tuberkuloosi- ja mielisairaanhoitopiirit ja aluesairaalakuntainliitot lakkautettiin. Pirkanmaalla sairaanhoitopiiri perustettiin vuonna 1990.
Pitkäniemen sairaalan historian toinen suuri organisaatiomuutos oli 1991, kun Pitkäniemi liittyi erikoisairaanhoitolain mukaisesti osaksi Pirkanmaan sairaanhoitopiiriä ja Tampereen yliopistollista sairaalaa. Pitkäniemessä pelättiin itsenäisyyden menettämistä muutoksen myötä. Sairaanhoitopiirissä oli neljä johtokuntaa ja yksi psykiatrian lautakunta psykiatrian etuja valvomassa, joten Pitkäniemi oli hyvin edustettuna hallinnollisesti. Pitkäniemen sairaalan henkilökunta oli 1990-luvun alussa 628 henkilöä ja osa työskenteli avohoidon parissa. Sairaalassa oli lääkäreitä 43, hoitohenkilökuntaa 312, tutkimus- ja hoitohenkilökuntaa 77, huoltohenkilökuntaa 151 sekä talous- ja hallintohenkilökuntaa 45.
Erikoisairaanhoitolaki määritteli erikoissairaanhoidon tehtävät tarkemmin kuin aikaisempina vuosikymmeninä. Laki edellytti sairaaloita omistamaan vain varsinaiseen sairaalatoimintaan tarvittavat maa-alueet, joten Pitkäniemen sairaala myi maata Nokian ja Tampereen kaupungille, puolustusvoimille ja yksityiselle yritykselle. Sairaanhoitopiirin omistukseen jäi vain noin 71 hehtaarin sairaala-alue, jossa sijaitsevat sairaalarakennukset sekä puisto.
Pitkäniemen liittyminen osaksi sairaanhoitopiiriä ulkoisti monia sairaalan omia toimintoja. Sairaalan keskusvarasto lakkautettiin ja arkisto muutti osaksi Taysin sairauskertomuskeskusta. Keittiö ja kiinteistöpalvelut liittyivät osaksi Taysin yksiköihin. Organisaatiomuutos ja eri järjestelmien yhdistäminen vaati lukuisia työtunteja henkilökunnalta.
Pirkanmaan sairaanhoitopiiri on perustettu 22.2.1990.
Pitkäniemen sairaalan kuntainliiton liittovaltuusto kokoontui viimeisen kerran 4.6.1991.